Nuori, matala ja puolittain eristynyt Itämeri on herkkä muutoksille. Itämeren vakavin uhka on rehevöityminen, joka johtuu pääasiassa merenpinta-alaa neljä kertaa suuremmalta valuma-alueelta tulevasta suuresta kuormituksesta. Itämereen on myös laskettu tai upotettu suuri määrä erilaisia jätteitä.